La Edad Media es la época más oscura para el cannabis. Fue prohibida y maldecida. Desde esta época no volverá a verse igual. Será visto como una planta maligna.
Fue introducido por los cruzados al volver de Tierra Santa. Tras la caída del Imperio Romano y la consolidación del cristianismo, el cáñamo desapareció de la farmacopea europea.

Los cruzados lo utilizaban para tratar la locura, la histeria, la hidrofobia, el tétanos y el cólera. Mientras que el vino era aceptado como materia de sacramento y se era indulgente con la cerveza, licores y tabaco (al final en el siglo XVI) la inquisición prohibió la ingestión del cannabis en España en el siglo XII y en Francia en el XIII. Muchos otros remedios naturales fueron prohibidos también por aquella época. Aquella persona que utilizara el cáñamo para flipar o curar era tachada de bruja.
Juana de Arco fue acusada entre 1430-1431 por haber utilizado varias hierbas, incluyendo el cáñamo, para "oír voces".

En 1484, el Papa Inocencio VIII separó los curanderos que utilizaban cannabis y a otros herbolarios, declarando que el cáñamo era un sacramento impío perteneciente al segundo y tercer tipo de misa satánica. Esta persecución duró más de 150 años.

En los tratados del siglo XVI estaban en todas las fórmulas mágicas de las brujas en los untos y en las recetas de los médicos famosos. El cannabis era una sustancia muy utilizada por las brujas.

El escritor Francois Rabelais explica en Gargantua et pantagruel las virtudes de las hierba denominada Pantagruelión.
Los barcos conducidos por Colón que llegaron a América en 1492 llevaban 80 toneladas de cáñamo entre cuerdas, redes, velas y demás œtiles navales.